Am 8. Dezember 2002 wurde Lackner Weihbischof der Diözese Graz-Seckau. Am 12. Jänner 2014 übergab ihm Alterzbischof Alois Kothgasser im Salzburger Dom den Hirtenstab als seinem Nachfolger. Seit Juni 2020 ist Erzbischof Franz Lackner Vorsitzender der Österreichischen Bischofskonferenz.