Mit dem Strukturprozess „Kirche für Zukunft" und den Erfahrungen aus der Stadtmission 2003 wurde die Kategoriale Seelsorge als eigene Dienststelle geplant und in einer Rahmenentscheidung am 6. Juni 2003 im Bischofsrat genehmigt.
Mit der Errichtung und der Geschäftsführung beauftragte man im September 2003 den Generalsekretär der Katholischen Aktion und Diözesanverantwortlichen für die Wiener Stadtmission, Mag. Martin Wiesauer. In enger Kooperation mit Kardinal Christoph Schönborn erarbeitete eine unabhängige Expertengruppe die Grundsätze.
Am 1. September 2004 wurde die Kategoriale Seelsorge ad experimentum auf drei Jahre errichtet. Gleichzeitig mit seiner Bischofsweihe am 23. April 2006 wurde Dr. Franz Scharl zum Bischofsvikar für die Kategoriale Seelsorge ernannt.
Als Nachfolger von Kardinal Schönborn erneuerte Erzbischof Josef Grünwidl zu Beginn 2026 den Auftrag, der Kategorialen Seelsorge als Bischofsvikar vorzustehen.