Im Februar 1996 erhält Christoph Schönborn eine außergewöhnliche Einladung: Papst Johannes Paul II. bittet ihn, die Fastenexerzitien für ihn und die römische Kurie zu leiten. Diese Aufgabe gilt als eine der höchsten geistlichen Auszeichnungen der Kirche und unterstreicht das internationale Ansehen, das sich Schönborn durch sein theologisches Profil und seine spirituelle Tiefe erworben hat.
In seinen Meditationen legt Schönborn besonderen Wert auf die Einheit von Glaube, Vernunft und Schöpfung. Seine Vorträge finden große Beachtung und werden noch im selben Jahr in Buchform veröffentlicht – ein weiterer Hinweis darauf, wie stark sein geistlicher Ansatz über Österreich hinaus Resonanz findet.
Während Schönborn weltweit Anerkennung erhält, stößt er in Österreich auch auf Widerstände. Aus konservativen Kirchenkreisen werden Gerüchte gestreut, er könne bald an die römische Kurie berufen werden. Doch Schönborn tritt diesen Spekulationen entschieden entgegen. „Es ist mein Auftrag, Erzbischof von Wien zu sein“, erklärt er am 22. März 1996 in einem Interview. Sein klares Bekenntnis zur Diözese Wien beruhigt viele Gläubige – und zeigt zugleich, dass er seine Rolle inmitten turbulenter Zeiten fest angenommen hat.
Am 29. Juni empfängt Christoph Schönborn im Petersdom aus den Händen von Papst Johannes Paul II. das Pallium – das Zeichen des Metropoliten der Wiener Kirchenprovinz. Begleitet wird er von einer ökumenischen Delegation unter Leitung des griechisch-orthodoxen Metropoliten Michael Staikos. Der feierliche Akt wird weithin als Bestätigung seiner Autorität und als Ausdruck des Vertrauens des Papstes in seinen Kurs gesehen.
1996 setzt Schönborn gemeinsam mit seinem Generalvikar Helmut Schüller einen Meilenstein im kirchlichen Umgang mit sexuellem Missbrauch. Schüller gründet in Wien die weltweit erste Ombudsstelle für Betroffene von Missbrauch in der Kirche – anonym, unabhängig und mit der Möglichkeit zu Schadenersatzklagen. Fälle werden systematisch aufgearbeitet, und Schüller erarbeitet erstmals verbindliche Richtlinien für den Umgang kirchlicher Mitarbeiter mit sexuellem Missbrauch.
Nicht alle österreichischen Diözesen sind zu diesem Zeitpunkt bereit, dem Wiener Beispiel zu folgen. Doch in den folgenden Jahren entwickelt sich die Ombudsstelle zu einer weisungsfreien, hochprofessionellen Institution mit internationalem Renommee – ein Modell, das später auch in anderen Ländern Schule macht.
Christoph Schönborn räumt später ein, dass er selbst Lernender in diesem Prozess war: Er sei gezwungen gewesen, sich der Problematik immer stärker zu stellen – gegen Widerstand „von innen“ und wachsendes Misstrauen „von außen“.
Der Jesuit Klaus Mertens, der Anfang der 2000er-Jahre als Erster in Deutschland das Thema Missbrauch systematisch angreift, würdigt Schönborn später ausdrücklich. Ohne dessen Unterstützung, so Mertens, wäre sein Kampf gegen innerkirchliche Widerstände kaum möglich gewesen.