Beim „Runden Tisch“ im Bundeskanzleramt Anfang Februar betont der Kardinal die Realisierbarkeit eines harmonischen Miteinanders verschiedener Religionen und Kulturen. Gemeinsam mit Bundeskanzler Wolfgang Schüssel, dem orthodoxen Metropolit Michael Staikos, evangelischem Bischof Herwig Sturm, Präsident der Islamischen Glaubensgemeinschaft Prof. Anas Schakfeh, Oberrabbiner Paul Chaim Eisenberg und Außenministerin Ursula Plassnik diskutiert er Lösungen zum Konflikt um Mohammed-Karikaturen.
Schönborn fordert verstärkten Dialog und vertrauensbildende Maßnahmen, um kulturelle Spannungen abzubauen und ein respektvolles Zusammenleben in einer pluralistischen Gesellschaft zu fördern. Die Teilnehmer heben die bewährte österreichische Praxis des interreligiösen Dialogs hervor und setzen sich für ein gegenseitiges Verständnis und Zusammenarbeit ein, um den Herausforderungen des gesellschaftlichen Pluralismus erfolgreich zu begegnen.
Schönborn betont bei der Abschluss-Pressekonferenz der Frühjahrssession der Österreichischen Bischofskonferenz, dass das Wohl der Gesellschaft und das Glück des Einzelnen maßgeblich von stabilen Familien abhängen. Er fordert Politik und Gesellschaft auf, die Rahmenbedingungen für Familien weiter zu verbessern, indem Erziehungsleistungen ideell und finanziell honoriert werden. Im Namen der Bischöfe ruft Schönborn „zum Mut zur Ehe und zum Kind“ auf und dankt allen, die durch ihre Familien einen unersetzlichen Beitrag leisten.
Besonders betont er den Umgang mit geschiedenen und wiederverheirateten Personen, die zur Kirche gehören und pastorale Unterstützung benötigen. Was die Zulassung zur Eucharistie angeht, hält er eine differenzierte Sicht, die den Schutz der Ehe und barmherzigen Umgang mit Scheitern verbindet. Zudem richtet er den Fokus auf die Bedürfnisse der Kinder in zerbrochenen Ehen und fordert eine verantwortungsvolle kirchliche Begleitung. Schönborn appelliert abschließend an ein stärkeres Engagement aller Gläubigen, um die Stabilität und den Zusammenhalt der Familien in Österreich zu fördern.
Ende April tritt erstmals die „Pfarrer-Initiative“ an die Öffentlichkeit. Sie hat den Anspruch, mehr Dynamik in die katholische Kirche zu bringen. Ziel ist es, anstehende Probleme offen und realistisch zu diskutieren sowie gangbare Lösungen aufzuzeigen. Das Leitungsteam besteht aus Msgr. Helmut Schüller, Pfarrer in Probstdorf, P. Udo Fischer, Pfarrer in Paudorf, Hans Bensdorp, Pfarrer und Dechant in Wien 12 sowie Gerald Gump, Pfarrer und Dechant in Schwechat. Bei einer Pressekonferenz in Wien erklärt Schüller, dass viele Priester mit der aktuellen Handhabung dringender kirchlicher Probleme unzufrieden sind. Im Auftrag von Kardinal Christoph Schönborn steht die Pfarrer-Initiative im Einklang mit den Zielen der Erzdiözese, „Altbewährtes“ zu bewahren und gleichzeitig neue Wege zu suchen.
Schüller, Bensdorp und Gump, werden in den Priesterrat gewählt und bringen dort konstruktive Vorschläge ein. Kardinal Schönborn äußert in einem Gespräch Hoffnung, dass die Initiative die missionarischen Bemühungen der Seelsorge unterstützt und nicht zu innerkirchlichen Konflikten führt. Er betont die Bedeutung des Evangeliums für heutige Suchende.
Schüller fordert neue Formen der Pfarrleitung und die Zulassung von „viri probati“, bewährten verheirateten Männern, zum Priesteramt. Er warnt, dass der Verlust des persönlichen Kontakts mit Priestern negative Auswirkungen auf Berufungen habe. Zudem verweist er auf die Notwendigkeit, das Bußsakrament zu flexibilisieren und innovative Modelle im Umgang mit Scheitern und Neuanfang zu entwickeln. Die Initiative plant, weitere Priester zu gewinnen und ein österreichweites Netzwerk zu etablieren, um gemeinsam Mut zu machen und die Kirche nachhaltig zu stärken.
Kardinal Christoph Schönborn betont bei einer Pressekonferenz in Rimini Ende August, dass Glaube und Wissenschaft keinen Konflikt darstellen. Vielmehr kritisiert er materialistische Interpretationen der Evolutionstheorie, die sowohl dem Glauben als auch der Vernunft widersprächen. Schönborn stellt klar, dass die katholische Kirche weder Kreationismus – eine wortwörtliche Auslegung des Schöpfungsberichts – noch materialistischen Evolutionismus akzeptiert. Er plädiert dafür, Evolution und Schöpfung als vereinbar zu betrachten: „Der Schöpfer kann sich des Instruments der Evolution bedienen.“ Eine ideologische Reduktion auf einen Gegensatz zwischen Evolutionisten und Kreationisten sei eine „Karikatur“. Der Kardinal hob hervor, dass die Evolutionstheorie zwischen Wissenschaft und weltanschaulichen Elementen differenziert betrachtet werden müsse. Es sei unvernünftig, die Entwicklung des Lebens als reinen Zufall zu sehen. Besonders in Fragen der Bioethik müsse die Kirche aktiv den rationalen Diskurs fördern. Schönborn warnt zudem vor dem „Evolutionismus“ als Ersatzreligion, der in Geschichte und Gegenwart ideologisch missbraucht wurde, etwa im Kommunismus oder Sozialdarwinismus. Entscheidende Fortschritte in der Debatte um Evolution und Schöpfung seien nicht allein auf wissenschaftlicher oder theologischer Ebene zu erwarten, sondern auf Grundlage der Naturphilosophie und Metaphysik. Mit dieser Haltung unterstreicht die Kirche ihren Anspruch, nicht nur in der Glaubens-, sondern auch in der Vernunftsfrage wegweisend zu sein.
Am 6. Oktober 2006 erscheint erstmals seine Kolumne "Antworten" in der auflagestarkenTageszeitung HEUTE. Seither erscheint der wöchentliche Beitrag, in dem Schönborn mitunter auch deutlich kritische Töne zu gesellschaftlichen Fragen anschlägt, ohne Unterbrechung jeden Freitagvormittag.