Auf der Orgelempore steht die Orgel des berühmtesten Orgelbauer Wiens, Johann Hencke. Etwa gleichzeitig mit seiner großen Herzogenburger Orgel wurde das fünfzehn – registrige Werk 1750 für die Wallfahrtskirche Maria Kirchbüchl vollendet. Die wertvolle Orgel, deren Rokokogehäuse eine wesentliche Bereicherung des hochbarocken Kirchenraumes darstellt, erinnert mit ihrer grün (blau) – goldenen Fassung schon rein äußerlich an die Herzogenburger Orgel. Sie ist wahrscheinlich die letzte original erhaltene Orgel von Joh. Hencke. Das Gehäuse gliedert sich in fünf Felder, deren beide äußere den Pedalprospekt bilden. Der dreifeldrige Zweifuß-Prospekt des Positivs ist in die Emporebrüstung eingebaut. Der eichene Spieltisch ist freistehend mit Blickrichtung zum Altar postiert. Spieltisch, Windladen und Pfeifenwerk sind, bis auf geringfügige Veränderungen anlässlich einer Renovierung von 1880, original erhalten.
Unter der Orgelempore wurde 2007 ein Gitter eingebaut um von März bis November tagsüber Besuchern und Betern den Zugang zu ermöglichen. Von 8 bis 20 Uhr ist der Eintritt von hinten in die Kirche möglich um dort zu beten, eine Kerze zu anzünden oder nur still eine Weile innezuhalten.