Einrichtungsgegenstände aus der Zeit der Romanik und der Gotik sind kaum vorhanden. Aus der Romanik finden sich noch Tierköpfe, die unter den Gewölben des Mittelschiffes eingemauert sind. An die Gotik erinnern vor allem der Taufbrunnen und mehrere Engelsfiguren an den Kirchenmauern und am Südtor. Die Zeit nach 1480 bis 1683 steht im Zeichen der Türkenkriege und der Gegenreformation, an der sich die Badener Pfarrer eifrig beteiligten. Daher sind aus der Renaissancezeit nur Grabdenkmähler erhalten, von denen einige an den Säulen der Kirche befestigt sind. Bemerkenswert ist eine Grabplatte in der Josefskapelle für den Badener Pfarrer Vinzenz Bauernfeind (†1517).
Die Türkenkriege von 1529 und 1683 brachten schwere Zerstörungen mit sich. So musste neben dem Aufsetzten der Turmzwiebel vor allem das Innere der Kirche im barocken Stil erneuert werden. Im Laufe des 18. Jahrhunderts erfolgt die Aufstellung mehrerer Seitenaltäre im Langhaus der Kirche: am Beginn jedes Seitenschiffes, der Marienaltar mit der Kanzel, der Sebastianaltar und der Antoniusaltar. Auch die Josefskapelle wird barockisiert. Dort wo heute der Volksaltar steht, errichtet man einen Altar zu Ehren des Hl. Kreuzes, der aber im Jahre 1758 in den ehemaligen Sakristeiraum unter dem Nordturm (Kreuzkapelle) versetzt wird. Zur selben Zeit beendet man den Bau der heutigen Sakristei. Erwähnenswert ist auch, dass der Sebastianaltar von der Badener Bürgerschaft zur Erinnerung an das Pestjahr 1713 gestiftet wurde. Dies wird durch eine Votivtafel bezeugt, die heute über dem Ausgang bei der Sakristei hängt. Im Presbyterium werden die Fenster fast bis zur Gänze zugemauert und ein barocker Hochaltar aufgestellt.

Das Altarbild mit der Darstellung der Steinigung des Hl. Stephanus malt der berühmte Barockkünstler Paul Troger. Auch in der Sakristei hat das Barock seine Spuren hinterlassen: den Altar zu Ehren des Hl. Franz Xaver und der wertvolle barocke Sakristeischrank aus dem Jahr 1743. 
Im Jahr 1880 beginnen umfangreiche Regotisierungsarbeiten. 1893 wird der barocke Hochaltar durch den bestehenden ersetzt. Lediglich das Hochaltarbild verbleibt in unserer Kirche und bekommt seinen heutigen Platz über dem Ausgang bei der Sakristei. Die zugemauerten Fenster im Presbyterium werden wieder geöffnet. Ebenso werden die neugotische Vertäfelung und das Chorgestühl errichtet. Auch die Altäre in den Seitenschiffe, sowie die Josefskapelle und die Kreuzkapelle werden regotisiert. Schmerzlich ist, dass man in diesem Zuge die original gotischen Statuenkonsolen an den Wänden durch neugotische ersetzt hat. Lediglich eine ist erhalten geblieben und im Schiestl-Hof (Ecke Antonsgasse-Annagasse) zu bewundern. Mit der Umgestaltung der Seiteneingänge endet 1913 die Regotisierung der Pfarrkirche. 
In den 70er-Jahren des 20. Jahrhunderts findet eine große Innen- und Außenrenovierung der Kirche statt. Es werden am Nordtor im Zuge der Installierung einer Fernheizung mehrere Räume angebaut. Bei der Innenrenovierung werden – entsprechend den Richtlinien der Liturgiereform des II. Vatikanischen Konzils – der Volksaltar und die heutige Session errichtet. Die neugotischen Altäre in den Seitenschiffen werden entfernt, lediglich die Altarstatuen verbleiben. Auch die schadhaften barocken Kirchenbänke werden durch neue ersetzt. Im Jahr 1989 wird der Altar der Kreuzkapelle schließlich in den Pfarrhof übertragen und dort eine Kapelle eingerichtet. Die alte Kreuzkapelle dient nun als Depot für oft benötigte Sachen, der Raum darüber als Gebets- und Meditationsraum.

Zu Beginn des 21. Jahrhunderts erfolgt im Zuge des Einbaus einer Fußbodenheizung eine weitere gründliche Innenrenovierung. Auch eine Trockenlegung der Außenmauern und Säulen ist erforderlich. Dabei werden auch die Außenmauern des Langhauses renoviert.

Die Orgel der Pfarrkirche geht auf ein 1744 von Johann Hencke für die Kirche des Augustiner-Chorherrenstifts in der Wiener Dorotheergasse gebautes Instrument zurück, das 1787 nach Baden übertragen wurde. Trotz aller überlieferten Mängel und notwendigen Reparaturen war das spätbarocke Werk über 120 Jahre in Gebrauch.

Schließlich wurde die Hencke-Orgel abgetragen und 1913 durch ein Werk der Fa. Swoboda ersetzt. Der barocke Prospekt blieb als nicht klingende Kulisse erhalten.

Auch dieses Instrument erwies sich als reparaturanfällig und sowohl die pneumatische Traktur als auch die akustische Situation (die Pfeifen standen in einem eigenen Raum hinter der Empore) war letztlich ausschlaggebend für die Planung einer neuen Orgel unter Einbeziehung der erhaltenen Prospektteile. Orgelbaumeister Gerhard G. Hradetzky (Orgelbau Oberbergern) schuf dieses Instrument, welches dem äußeren Erscheinungsbild einer süddeutschen Barockorgel entspricht. Die Orgel wurde am 21. Juni 1987 geweiht.

→ Festschrift zur Orgelweihe am 21. Juni 1987

Das obere Manual der Orgel mit den wieder aufgefundenen und wiederverwendeten historischen Tastenauflagen. Darauf spielte höchstwahrscheinlich Wolfgang Amadeus Mozart, der hier mit dem befreundeten Badener Schulmeister und Regenschori Anton Stoll musizierte.

Berühmt in diesem Zusammenhang ist auch Mozarts Fronleichnams-Motette „Ave verum corpus“, welche 1791 in Baden entstand und hier zum ersten Mal erklang. Ein privates Konzert von Felix Mendelssohn-Bartholdy auf der Hencke-Orgel im Jahre 1829 ist ebenso dokumentiert.

Disposition der Orgel: