In den Architekten Schwan & Waldhäusl hat Herr Pfarrer Dr. Berthold Koy ein junges, dynamisches Team gefunden, das seinen Vorstellungen von der Umgestaltung des Innenraums der Kirche sehr positiv gegenüber stand.
So wurde ein Plan entwickelt, nach dem der Umbau schließlich erfolgte:
Der Altar wurde aus der Tiefe des Presbyteriums hervorgeholt und erhielt seinen Platz in der Vierung, sodass man sich nun praktisch um den Altar versammeln kann.
Durch die Konstruktion mit den Sitzstufen mit dem oben anschließenden Plateau entstand darunter ein großer Mehrzweckraum (wenn man die Stauräume dazu rechnet sind es 200 Quadratmeter).
Viele Jahre hatten wir als Übergangslösung (bzw. „Vorläufer“ der aus Stein gefertigten Altarplattform) ein Podium aus Holz und einen Holztisch als provisorischen Altar.
Der Sinn dieses Umbaus wurde der Pfarrgemeinde in vielfacher Weise näher gebracht:
Am Samstag, den 24. September 1994 gab es ein Bau–Anfangsfest mit Tag der offenen Tür. Es bestand die Gelegenheit, über die verschiedenen Verwendungsmöglichkeiten der neu entstehenden Unterkirche zu diskutieren.
Am Sonntag, den 25. September 1994 haben wir das Erntedankfest mit Abt P. Dr. Heinrich Ferenczy vom Schottenstift gefeiert. Thema seiner Ansprache waren der Kirchenumbau und die Renovierung.
Auch die jetzige Sakramentskapelle wurde umgestaltet. Der Altar wurde von der gegenüber liegenden Seite an seinen jetzigen Platz gestellt.
Der alte Durchgang, der ein Begehen der Kapelle vom Vorraum der Kirche aus ermöglicht, wurde wieder geöffnet. Ein runder Holztisch wurde als provisorischer Altar in die Mitte gestellt, daneben ein Pult als provisorischer Ambo.
lm März 1995 war Herr Dr. Rudolf Schwarzenberger in unserer Pfarre. Er hat zunächst die Neuerungen in der Kirche besichtigt und anschließend im Augustinussaal einen Vortrag über „Sprache und Orte der Liturgie“ gehalten.
Auch Herr Kardinal Dr. Christoph Schönborn ist an einem Samstagnachmittag kurz vorbei gekommen, hat die diversen „Zwischenlösungen“ in der Kirche besichtigt und gut geheißen.
Wichtig war ihm vor allem, dass auch der definitive Altar seinen Platz in der Vierung bekommen werde.
Im Jahr 2005 war es dann so weit. Die letzte- und im wahrsten Sinn des Wortes „tiefgreifendste“ Phase der lnnenrenovierung begann mit der Installierung einer Erdwärmeheizung (statt der bisherigen Ölheizung).
Heizelemente wurden unter den Bankblöcken, unter der Altarplattform sowie in den Nebenräumen und auch in den Wänden und Säulen bis zu einer Höhe von 2 m eingemauert. So kann die Bodenfeuchtigkeit in Schach gehalten werden.
Nach der Entfernung des 18.000 L Öltanks, der seinen Platz im jetzigen Beicht- und Aussprachezimmer hatte, kamen in diesem Raum wunderschöne Deckenmalereien zum Vorschein, die von einer holländischen Restauratorin und ihren jungen Mitarbeiterinnen mit sehr viel Feingefühl restauriert wurden.
Während der Arbeiten an der Fußbodenheizung befanden sich die Bänke zur Restaurierung bei einem Tischlereibetrieb in Mariazell. Die Kniebänke erhielten nun eine Vorrichtung, die das Aufklappen ermöglicht, wodurch die Reinigungsarbeiten erleichtert werden.
Im großen Raum der Kirche wurde ein neuer Steinfußboden verlegt.
Die Färbelung der Wände - vom Bundesdenkmalamt angegeben - harmoniert nun sehr gut mit den Farben des restaurierten Kreuzwegs.
Während der Arbeiten in der Kirche wurden sämtliche Gottesdienste in dem neu entstandenen Mehrzweckraum unterhalb der Stufenkonstruktion („Unterkirche“) gefeiert.
Am 8. September 2005 war es schließlich so weit: Kardinal Schönborn nahm – unter Assistenz der Zeremoniäre Wolfgang Moser und Martin Sindelar – die feierliche Altarweihe vor.
Wirklich abgeschlossen war die lnnenrenovierung aber erst im Herbst 2014, als auch der provisorische Altar und der provisorische Ambo aus der Sakramentskapelle entfernt und durch einen Altar und einen Ambo aus Birnenholz ersetzt wurden.
Am 8. Dezember 2014 wurde dieser Altar durch Bischofsvikar Dariusz Schutzki gesegnet.
Die Kosten für die Innenrenovierung betrugen ca. 1,5 Millionen Euro.
Um Schäden an der neuen Deckenmalerei durch Wassereintritte zu vermeiden, folgte sehr rasch, bereits ab 2007, die Außenrenovierung und Dachrenovierung unseres Gotteshauses.