Im Jahre 1882 erbaute Franz Reusch aus Klosterneuburg eine Orgel mit einem Manual und Pedal und sechs Registern.
2002 wurde der Spieltisch von A. H. Donabaum (Wien) auf zwei Manuale umgebaut, weiters fügte er der Orgel ein klingendes Rückpositiv mit 4 Registern hinzu und erweiterte das Pedal um einen Subbass 16´.
Da bei der Orgel immer öfters technische Mängel auftraten und sich bei der Chorempore statische Probleme entwickelten, musste im Zuge der Emporenrenovierung das Orgelwerk bis auf das Gehäuse von Reusch abgetragen werden.
2022-23 restaurierte Alois Linder aus Nussdorf am Inn (Deutschland) die „Reuscher Substanz“ und baute das klingende Rückpositiv nach Vorbild von J. G. Fischer neu. Das Pedal wurde in einem neuen Kasten an die Rückwand platziert. Da die Raumsituation auf der Empore in Höflein sehr eng ist, wählte Alois Linder eine optimale Lösung. Hervorzuheben ist, dass die Integration der alten in die neue Substanz sehr homogen gelungen ist.
Seit 1399 ist die Pfarre dem Augustiner-Chorherrenstift Klosterneuburg inkorporiert.