König Friedrich IV. (ab 1452 als Kaiser Friedrich III.) ließ um das Jahr 1440 durch den Baumeister Peter von Pusica den Bau der an der Westseite der Burg gelegenen Kirche beginnen. Sie wurde um das Jahr 1460 fertiggestellt und war der hl. Maria geweiht. Der im Jahr 1479 in Millstatt durch Friedrich III. gegründete St. Georgs-Ritterorden wurde auf Wunsch des Kaisers nach Wiener Neustadt verlegte. Kaiser Maximilian I., Sohn Friedrichs III. und der Eleonore von Portugal, kam in der Burg zur Welt und wurde nach seinem Tod im Jahr in der Kathedrale begraben.