Unter dem Altarraum
Meist liegt die Krypta – also die Gruft (auch dieses Wort leitet sich von „Krypta“ ab), in der der steinerne Sarg eines Heiligen ruht, unter dem Altarraum der Kirche. Vor allem in der Stilepoche der Romanik entstanden viele großangelegte Krypten, über denen Kirchen errichtet wurden.
Diese Krypten sind oft als Hallen angelegt, mit einer Gewölbedecke, die auf vielen Säulen ruht. In Österreich ist etwa der Dom zu Gurk in Kärnten zu nennen, dessen ältester Teil, die Krypta, im Jahr 1174 fertiggestellt wurde. Sie ist 400 Quadratmeter groß, weist 100 Säulen auf und ist die letzte Ruhestätte der 120 Jahre zuvor verstorbenen heiligen Hemma.
Krypta oder Katakombe
Als die Gotik die Romanik im 13. Jahrhundert ablöst, endet die Sitte, Kirchen über einer Krypta zu errichten. Der gotische Stephansdom in Wien hat zwar eine Unterkirche mit Bischofsgruft (von den Wienern „Katakomben“ genannt). Sie ist aber keine Krypta, sondern entstand aus den Kellergewölben der früher dort stehenden Wohnhäuser.